Εκεί, αποφοίτησε από το Γυμνάσιο, παρακολούθησε μαθήματα ζωγραφικής και, το 1895, γράφτηκε στην Ιατρική Σχολή, χωρίς ωστόσο να ολοκληρώσει τις σπουδές του. Τον είχε ήδη κερδίσει η δημοσιογραφία, όπως αρκετούς λόγιους της γενιάς του: από 16 ετών είχε αρχίσει να αρθρογραφεί στην εφημερίδα Ακρόπολις, την οποία εξέδιδε ο Βλάσης Γαβριηλίδης. Έκτοτε εργάστηκε και συνεργάστηκε με πολλά έντυπα (Σκριπ, Εφημερίς των Συζητήσεων, Χρόνος, Εμπρός, Ελεύθερον Βήμα), αποκτώντας φανατικό κοινό με τα καθημερινά χρονογραφήματά του και, χάρη στο ύφος με το οποίο σχολίαζε σε αυτά την καθημερινότητα και τα γεγονότα της κάθε ημέρας, δημιούργησε, κατά κάποιον τρόπο, «σχολή».
Το 1898 κυκλοφόρησε η πρώτη ποιητική του συλλογή, Πολεμικά τραγούδια (πρόκειται για ποιήματα που απηχούν τα βιώματά του από τη συμμετοχή του στον Ελληνοτουρκικό Πόλεμο του 1897), ενώ το 1904 έγινε ένα από τα πρώτα μέλη της εταιρίας «Η Εθνική Γλώσσα», με στόχο την υπεράσπιση της δημοτικής γλώσσας (μαζί με τον Μιλτιάδη Μαλακάση, τον Λάμπρο Πορφύρα, τον Κωσταντίνο Χατζόπουλο, τον Ανδρέα Καρκαβίτσα, τον Ιωάννη Κονδυλάκη και άλλους). Αφού έζησε επί τρία χρόνια στο Παρίσι (1908-1911) ως απεσταλμένος της εφημερίδας Εμπρός, εγκατέλειψε έπειτα τη δημοσιογραφία και, ύστερα από παρότρυνση του Ελευθέριου Βενιζέλου, διετέλεσε νομάρχης Ζακύνθου, Καλαμάτας και Κυκλάδων (1912-1916). Το 1918 συνεργάστηκε στη συγγραφή του θρυλικού αναγνωστικού Τα Ψηλά Βουνά και, την ίδια χρονιά, ανέλαβε πρόεδρος της Εθνικής Πινακοθήκης.
Το 1919 –τη χρονιά που συμμετείχε στη συντακτική επιτροπή του θρυλικού εκπαιδευτικού βιβλίου της μεταρρύθμισης Βενιζέλου, του «Αλφαβηταρίου με τον Ήλιο»– αυτοκτονεί ο αδελφός του Θανάσης, σε ηλικία μόλις 39 ετών, ο οποίος αντιμετώπιζε επί αρκετά χρόνια ψυχολογικά προβλήματα. Την επόμενη χρονιά, τυπώνεται από τη Βιβλιοθήκη του Εκπαιδευτικού Ομίλου η ποιητική συλλογή για παιδιά του Ζαχαρία Παπαντωνίου Τα χελιδόνια, η οποία αφιερώνεται στον αδελφό του και ξεκινά με το σπαρακτικό κείμενο προς εκείνον που του έδωσε «τη βαθύτερη πληγή που μπορούσε να δώσει η αγάπη». Στο σημείωμα αυτό, ο ποιητής αναφέρεται και στη συγγραφική του πρόθεση: «να δώσω στα παιδιά λίγο τραγούδι, όπως ο πατέρας μας τα γράμματα, όπως εσύ τη γραμμή και το χρώμα. Κοινό συναίσθημα οδήγησε και τους τρεις κοντά στην ηλικία που δεν την άγγιξεν ακόμα το κακό».
Το παραπάνω σημείωμα, με το οποίο ο Παπαντωνίου συνδέεται με το έργο του δασκάλου πατέρα του και του ζωγράφου νεκρού αδερφού του, δεν περιλαμβάνεται στην επόμενη έκδοση του βιβλίου από τον Εκδοτικό Οίκο Δημητράκου Α.Ε. το 1931, με τον τίτλο Παιδικά τραγούδια. Ποιήματα και μουσική. Εντωμεταξύ, ο Παπαντωνίου το 1922 είχε εκδώσει την ποιητική συλλογή Πεζοί ρυθμοί, είχε τιμηθεί με το Εθνικό Αριστείο Γραμμάτων και Τεχνών και είχε διοριστεί καθηγητής στη Σχολή Καλών Τεχνών (αργότερα, το 1938 θα αναγορευόταν μέλος της Ακαδημίας Αθηνών). Το 1927 είχε εκδώσει τα Διηγήματά του (οι δύο άλλες συλλογές διηγημάτων του, Ο βυζαντινός όρθρος και Η θυσία, θα εκδίδονταν το 1936 και το 1937).
Στην ειδική αυτή έκδοση για την εφημερίδα ΤΟ ΒΗΜΑ έχει αναπαραχθεί η πρώτη έκδοση του έργου, το 1920, από τον Εκπαιδευτικό Όμιλο, που είχε συσταθεί το 1910 με σκοπό να προωθήσει τη δημοτική γλώσσα στα εκπαιδευτικά προγράμματα και στον οποίο πρωτοστατούσαν προσωπικότητες μεγάλου βεληνεκούς: ο κοινωνιολόγος και παιδαγωγός Δημήτρης Γληνός, ο παιδαγωγός Αλέξανδρος Δελμούζος και ο γλωσσολόγος Δημήτρης Τριανταφυλλίδης. Ο υπότιτλος του βιβλίου «Ποιήματα για παιδιά» (σε αντίθεση με τον μεταγενέστερο τίτλο του έργου Παιδικά τραγούδια) εκφράζει και μια παιδαγωγική αντίληψη: η ποίηση (η λογοτεχνία εν γένει) δεν διακρίνεται σε «ενήλικη» και «παιδική», μα, μία και ενιαία, απευθύνεται απλώς άλλοτε σε ενήλικους και άλλοτε σε ανήλικους αναγνώστες. Έχουμε επίσης διατηρήσει στην έκδοση αυτή το τυπογραφικό στήσιμο των ποιημάτων, που, εν πολλοίς, αποπνέει τον μοντερνισμό της περιόδου και συμβάλλει στο μικρό αυτό κόσμημα από άποψη περιεχομένου και μορφής.
Το έργο ολοκληρώνεται με τις παρτιτούρες του, επίσης βραβευμένου με το Εθνικόν Αριστείον Γραμμάτων και Τεχνών, συνθέτη και μουσικοκριτικού Γεωργίου Λαμπελέτ (Κέρκυρα 1875-Αθήνα 1945). Πρόκειται για τον πρώτο οραματιστή της «Εθνικής μουσικής» ο οποίος μάλιστα δημοσίευσε ομώνυμο άρθρο, το αποκαλούμενο ως «μανιφέστο Λαμπελέτ», το 1901, στο περιοδικό Παναθήναια. Το μεγαλύτερο μέρος του έργου του έχει χαθεί, αλλά η άποψή του για την αξιοποίηση της μουσικής παράδοσης της χώρας εκφράστηκε στα άρθρα του περιοδικού Κριτική, το οποίο εκδόθηκε γύρω στο 1903, και στο μηνιαίο περιοδικό Μουσικά Χρονικά που ο ίδιος εξέδιδε (1928-1929).
Τα ποιήματα της συλλογής έχουν άψογη δομή και γλώσσα που ανάγεται σε υψηλής απόλαυσης εργαλείο. Χάρη στη θεματική τους, το ζωντανό και λιτό ύφος τους και τον αβίαστο ρυθμό τους, έχουν αντισταθεί στη φθορά του χρόνου και εξακολουθούν να γοητεύουν τα παιδιά. Στην έκδοση που κρατάτε στα χέρια σας, τα ποιήματα αυτά συνυπάρχουν με τις σπάνιες παρτιτούρες του Γεωργίου Λαμπελέτ, γεγονός που την καθιστά συλλεκτική. Ελπίζουμε να αγαπηθεί και να αποκτήσει χρηστική αξία για μικρούς και μεγαλύτερους αναγνώστες.